Para parar los contenedores en un proyecto que utiliza docker-compose, puedes utilizar tanto los comandos stop como down pero, ¿cuál es el a diferencia? Te la explico a continuación.
El comando docker-compose stop para los contenedores, mientras que el comando docker-compose down para los contenedores y además los elimina, junto con las redes creadas.
También puedes añadir la opción -v al comando down para que elimine los volúmenes que se hayan creado. De esta forma el comando docker-compose down -v es ideal para hacer limpieza y resetear cualquier entorno de desarrollo.